Fort II Wawrzyszew powstał w ramach budowy pierwszego, zewnętrznego pierścienia fortów Twierdzy Warszawa. Mimo, że projektowano go według standardowych założeń, to powstał jako fort różniący się od pozostałych umocnień z tej linii.

Budowę umocnień Warszawy w większości nadzorował płk. inż. Aleksander Pietrowicz Wernander, estoński oficer armii carskiej. Pod jego kierunkiem wznoszono forty zewnętrznego pierścienia, oddalone o około 6-7km od granic Warszawy oraz w odległości ok. 4-5km od sąsiedniego fortu. Wiele fortów tego pierścienia powstało wg. tego samego projektu bazującego na planie wzorcowego fortu z 1879 roku.

Fort II Wawrzyszew ulokowano czołem na północny-zachód, na granicy niezalesionego, podmokłego terenu ciągnącego się aż do Puszczy Kampinoskiej, na zachód od wsi Wawrzyszew, poza granicami ówczesnej Warszawy. Fort nie bronił żadnego ważnego szlaku, po prostu zamykał linię obrony między sąsiednimi dziełami – fortem I Bielany i fortem III Blizne. Znajdował się na skraju powązkowskiego pola wojennego - dużego terenu ćwiczeń i letniego zakwaterowania wojsk.

Dzieło powstało w latach 1883-1888 według koncepcji standardowego fortu F1879. Zgodnie z projektem wybudowano wysoki fort - baterię artyleryjską o kształcie zbliżonym do trapezu, z załamaniem na czole, o wymiarach około 400 metrów szerokości i około 250 metrów głębokości. Taki fort miał dwa wały – wysoki dla artylerii i niski dla piechoty. Całość otoczona była mokrą fosą. W szyi posiadał duże, ceglane koszary na 18 kazamat z oknami, z wyjściem w stronę szyi oraz z dodatkowym przejściem na dziedziniec fortu. Przejście to prawdopodobnie połączone było poterną poprowadzoną aż do wału czołowego. Koszary szyjowe mają charakterystyczną dobudówkę na obu końcach, wystającą przed fasadę, co wyróżnia ten fort spośród innych. Przykryte są nasypem ziemnym z wyprowadzonymi na strop kominami wentylacyjnymi.

W przypadku fortu z mokrą fosą obrona rowu fortecznego odbywała się bezpośrednio z wałów i nie budowano wtedy kaponier skarpowych. Na wałach powstały stanowiska dla artylerii, a pod wałami małe prochownie i poterny łączące wał artyleryjski z wałem piechoty. Na forcie umieszczono cztery takie przejścia.

Nietypowe rozwiązanie to załamanie fosy lewego barku, co spowodowało, że fort jest niesymetryczny. W załamaniu tym, także nietypowo, wybudowano kaponierę do obrony fosy barkowej, połączoną z piątym przejściem do wału piechoty.

Rosjanie już podczas budowy fortu zdawali sobie sprawę z tego, że budują obiekt przestarzały technologicznie. Wynikało to z racji dynamicznych zmian, które zadziały się w technice wojskowej i wprowadzeniu nowych rozwiązań w artylerii, która to była w stanie zniszczyć każde ceglane umocnienia. Wkrótce po zakończeniu budowy fortów pierwszego pierścienia przystąpiono więc do ich modernizacji. Prace te rozpoczęły się od roku 1897.

W ramach modernizacji fortu II Wawrzyszew przebudowano wały - w miejsce dwóch, powstał jeden wał, przeznaczony głównie dla piechoty i lekkiej artylerii. Zasadniczą część artylerii ciężkiej wyprowadzono poza dzieło i planowano rozstawiać na międzypolu. Zapewne planowano przebudowanie elementów bojowych z ceglanych na betonowe lub wzmocnienie ich stropów betonem, ale nie wiadomo jaką część tych prac wykonano.

W części szyjowej, przed koszarami przebudowano ziemny rawelin do postaci z betonowym tradytorem. Wejście na fort ulokowano z prawej strony rawelinu, przez metalowy most przerzucony nad fosą. Na zapolu fortu wybudowano lodownię, czyli ówczesną chłodnię-magazyn do przechowywania żywności.

W roku 1909 nastąpiła gigantyczna zmiana w koncepcji obrony zachodniej Rosji - Twierdzę Warszawa przeznaczono do likwidacji. Wydany rozkaz był jednak wykonywany po woli i z dużymi oporami. Wszakże budowa fortyfikacji kosztowała fortunę, więc ciężko było budowniczym zrozumieć taką decyzję. Ostatecznie latem 1913 roku rozpoczęto wyburzanie fortów. Rozpoczęto od schronów na wałach oraz od kaponier, które były odkopywane i wysadzane, a cegły zabierane do ponownego wykorzystania. W ten sposób zlikwidowano kaponierę, wszystkie schrony z poternami oraz tradytor w szyi. Nie zdążono wyburzyć koszar, gdyż rozpoczęły się przygotowania do nadchodzącej wojny i pomysł likwidacji twierdzy został zarzucony.

Wielka Wojna

W 1915 roku wojska niemieckie dotarły do Warszawy na początku sierpnia. Rosjanie opuścili miasto w nocy z 4 na 5 sierpnia i oddali umocnienia w zasadzie bez jednego wystrzału. Zdołali wysadzić mosty na Wiśle i być może fragmenty umocnień. Niemcy zajęli fortyfikacje następnego dnia, ale przez okres Wielkiej Wojny fort Wawrzyszew nie był przez nich wykorzystywany. Największą zmianą, którą wprowadził do Warszawy okres niemieckiej okupacji, było powiększenie granic administracyjnych miasta oraz wydanie zgody na zabudowę otoczenia fortecznych umocnień.

Okres międzywojenny

W okresie międzywojennym rozebrano do końca wysadzone jeszcze przez Rosjan elementy bojowe. Prace rozbiórkowe na forcie Wawrzyszew trwały głównie w roku 1927, kiedy to pozyskane w ten sposób kamienie i gruz wykorzystano do utwardzenia okolicznych dróg gminnych. W latach 1930. na forcie umieszczono magazyny Centralnej Składnicy Amunicji nr 1 oraz Warsztaty Amunicyjne nr 1. Usypano groblę z nowym wjazdem na fort, tym razem po lewej stronie rawelinu. Zachowany był wtedy jeszcze oryginalny, stalowy most. Wokół fosy fortu wykonano nasadzenia szpalerów drzew. Do fortu doprowadzono także linię kolejki wąskotorowej z Fortu Bema, gdzie mieściły się główne magazyny i zakłady amunicyjne.

II wojna światowa

W czasie wojny obronnej 1939 roku fort nie odegrał większej roli. Już w pierwszym tygodniu września ewakuowano z fortu magazyny amunicji i obiekt został porzucony. Był jednak przygotowany do obrony - otoczony był mokrą fosą, podwójną linią zasieków z drutu kolczastego, a na wałach wykopano rowy strzeleckie. Pod koniec września fort został obsadzony przez 120 żołnierzy z 61. pułku piechoty. Ciężkie walki o fort miały miejsce dopiero 26 września nad ranem. Pierwszy niemiecki szturm rozpoczął się pod osłoną nocy po sforsowaniu zasieków, ale został on odparty siłą polskich ckm-ów. Podobnie drugi atak poprowadzony od strony grobli, ale ostatecznie niemieckie oddziały zaatakowały z dwóch stron i pokonały polskich obrońców. Do niewoli dostało się ponad 70 Polaków, a ponad 50 zginęło.

Podczas II wojny światowej niemieckie wojska miały tutaj magazyny paliw, które w roku 1943 zostały podpalone przez polskie siły podziemne.

Współcześnie

W czasach PRL fort należał do wojska, jak większość tego typu obiektów w Warszawie. Nie był jednak wykorzystywany na cele militarne. Ostatecznie na terenie umieszczono wojskowy ośrodek wypoczynkowy, przebudowując dziedziniec i niwelując wały. Na terenie powstało boisko, budynki mieszkalne, dodatkowa grobla i mostek przez fosę. Wojsko opuściło teren w roku 2000 i przekazało nieruchomość do Agencji Mienia Wojskowego.

Jeszcze w czasach PRL koszary zaczęły pełnić role garażowe i warsztatowe, na początku dla stacjonujących tutaj oddziałów samochodowych – w tym celu duże okna we frontowych ścianach kazamat przebudowano na duże wjazdy z drzwiami. Takie wykorzystanie koszar jest aż do dzisiaj, mieści się tutaj wiele małych firm zajmujących się naprawą samochodów. Natomiast teren dziedzińca i fosy opanowała w dużej mierze przyroda, jest to faktycznie ostoja większych i mniejszych zwierząt, od jaszczurek czasami aż po łosie.

Na przedpolu zorganizowano się ogródki działkowe, a potem wydzielono działki i powstały domki jednorodzinne.

W roku 1993 fort został wpisany do rejestru zabytków.

Obecnie na forcie zachowały się w zasadzie tylko koszary i fosa. Istnieje wyjście z koszar na dziedziniec, ale nie ma już poterny. Nie istnieją żadne schrony bojowe. Na zapolu jest ciągle lodownia. Zachowany jest czytelny układ fosy, ale bez wałów. W terenie można znaleźć pojedyncze resztki murów dawnych schronów, kaponiery i tradytora oraz przyczółka mostu. Teren fortu, jak i całą okolica porośnięta jest lasem, którego nie było tutaj w czasie budowy umocnień. Od strony południowej fort sąsiaduje z lotniskiem na Bemowie.

Dziedziniec fortu i fosa są obecnie dzierżawiona przez Stowarzyszenie Ochrony Historyczno-Przyrodniczej Fortu Wawrzyszew. Stowarzyszenie zajmuje się utrzymaniem terenu i prowadzi też płatne łowisko w fosie fortu, która to fosa jest jednym z większych zbiorników wodnych w tej części Warszawy.

Koszar nie da się zwiedzać, gdyż są w całości zagospodarowane, a dziedziniec jest zamknięty i we władaniu wspomnianego stowarzyszenia. Turystycznie obiekt nie ma więc zbyt wiele do zaoferowania.