Fort Mokotów został wybudowany jako element wewnętrznego pierścienia fortów Twierdzy Warszawa. Jest jednym z trzech, a w zasadzie czterech fortów powstałych według tego samego, nienowoczesnego projektu wysokiego fortu artyleryjskiego. Jako jedyny nie został zniszczony w akcji likwidacji twierdzy. Rosyjska nazwa dzieła to Fort M, czyli M jak Mokotów (форт Литеры М).

Budowę carskich fortyfikacji lewobrzeżnej Warszawy w większości nadzorował estoński oficer płk. inż. Aleksander Pietrowicz Wernander. Wiele fortów budowanych pod jego opieką powstało według koncepcji pochodzących od planu fortu wzorcowego z 1879 roku. Projekt ten zakładał wybudowanie wysokiego fortu - baterii artyleryjskiej z jednym lub dwoma wałami, podczas gdy doświadczenia wybitnego rosyjskiego inżyniera fortyfikacji Eduarda Iwanowicza Totlebena wskazywały na konieczność wyprowadzenia artylerii z fortów na międzypola i budowę redut, a nie baterii. Ale tak budowano dopiero w latach późniejszych na terenie Twierdzy Modlin.

Fort Mokotów ulokowano pośrodku między Szosą Krakowską, a ówczesną ulicą Nowoaleksandryjską, czyli obecnie Puławską. Jest to fort położony najbardziej na południe z całej wewnętrznej linii fortów. Na przedpolu fortu były zabudowania wsi Wyględów. Droga międzyfortowa prowadząca do umocnienie to obecna ulica Racławicka.

Projekt Fortu Mokotów był taki sam lub bardzo zbliżony do projektów Fortu Szczęśliwice, Fortu Wola oraz w dużej mierze także do projektu Fortu Bema (Parysów). Wszystkie te forty były tak samo niedostosowane do ówczesnych, dynamicznych zmian w technice wojskowej. Jednocześnie powstawały bardziej jako forty pomocnicze, mające w pewnym stopniu pełnić funkcje magazynowe. Położone były w drugiej, wewnętrznej linii fortów twierdzy, która to linia wzmacniała obronę na potencjalnie głównym kierunku niemieckiego ataku od zachodu. Dlatego też druga linia fortów składa się tylko z pięciu głównych fortów i tylko po zachodniej stronie Wisły.

Fort "M" powstał jako dzieło ziemno-ceglane o narysie pięciokąta, posiadał dwa czoła i dwa barki oraz zamkniętą szyję. Ma wymiary ok. 450 x 350 metrów, czyli jest raczej dużym obiektem. Otoczony został w całości suchą fosą o szerokości ok. 20m oraz dwoma wałami. Niższy wał zewnętrzny przeznaczony został dla piechoty, a wewnętrzny, wyższy wał dla artylerii. Stanowiska artylerii na wale umieszczono w części centralnej oraz na wałach barkowych, oddzielone były od siebie niskimi wałami tzw. trawersami albo poprzecznicami.

Fosa czołowa i barkowa broniona była przez trzy kojce/kaponiery skarpowe. Jeden czołowy kojec, położony centralnie na osi fortu, służący do obrony całego czoła oraz dwa kojce barkowe umieszczone na załamaniu czoła i barku, każdy do obrony fragmentu fosy na barku. Do kojców poprowadzono z wnętrza fortu poterny pod oboma wałami. Z potern wybudowano także wyjścia na przestrzeń miedzywałową, czyli do komunikacji z wałem piechoty. Przy wejściach do potern umieszczono małe prochownie, a bezpośrednio nad prochownią schrony pogotowia na wale artyleryjskim. Z prochowni do schronu istniało połączenie windą amunicyjną. Na końcach wału artyleryjskiego umieszczono pod wałem dwa małe schrony z latryną.

Fosa w części szyjowej broniona była przez jedną kaponierę, położoną po prawej stronie wjazdu, w linii fosy szyjowej.

Pod czołowym wałem artylerii, pomiędzy wejściami do potern, umieszczono dwa odcinki typowych ceglanych kazamat z dziewięcioma salami przeznaczonych na cele koszarowe. Kazamaty posiadały duże okna, co powodowało, że w rzeczywistości słabo nadawały się do celów bojowych. Kazamaty pod wałem czołowym posiadały poternę prowadzącą do wału piechoty. Przed kazamatami, na dziedzińcu fortu, postawiono małe, drewniane budynki pomocnicze oraz studnie z wodą.

W części szyjowej, na dziedzińcu fortu, powstały dwie duże kazamaty na prochownie, w całości przykryte nasypem ziemnym, z jednym dużym pomieszczeniem w środku oraz z dwoma wyjściami. Teren prochowni oddzielono od części bojowej fortu wysokim płotem / kratą forteczną. Po roku 1892 dobudowano kolejne kazamaty w części szyjowej, pod zewnętrzny wałem. Jedne na cele warsztatu przygotowującego amunicję, a drugie na cele magazynu gotowej amunicji. Oba obiekty miały wejścia bezpośrednio z zewnątrz. W sumie fort posiadał więc cztery, symetrycznie rozmieszczone prochownie/magazyny. Dziedziniec fortu był podzielony małymi wałami ziemnymi. Centralnie przez środek, w osi fortu poprowadzono bramę i wjazd na fort.

Dużą część fortów wewnętrznego pierścienia połączono ze sobą fragmentami wałów międzyfortowych z fosą. Tak było też w przypadku Fortu Mokotów, do którego z prawej strony przylegał wał międzyfortowy biegnący od strony Fortu Szczęśliwice, a po stronie wschodniej wał ciągnął się aż do ulicy Nowoaleksandyjskiej, czyli współczesnej ulicy Puławskiej. Na wałach międzyfortowych, po obu stronach Fortu Mokotów, wybudowano małe, ziemne punkty opory - Fort Rakowiec i Fort Odyńca. Fragment wału na zachód od fortu jest obecnie najlepiej zachowanym tego typu obiektem w Warszawie.

W sierpniu 1897 roku twierdzę w Warszawie wizytował sam cesarz Mikołaj II razem z żoną, cesarzową Aleksandrą Fiodorowną. Podczas wizyty cesarska para odwiedziła także Fort Mokotów, z czego zachowane są bardzo dobrej jakości zdjęcia. W czasie swojej podróży odwiedzili także twierdze w Zegrzu, Modlinie i Osowcu.

Jak wspomniano wcześniej, ceglane foty budowane w Warszawie były przestarzałe technologicznie zaraz po zakończeniu ich budowy. Stało się tak głównie dlatego, że w XIX wieku znacznie zmodernizowano artylerię, wprowadzono gwintowane lufy, wprowadzono nowe materiały wybuchowe oraz nowe armaty ładowane odtylcowo, a na koniec zamki klinowe i oporopowrotniki. Wypracowano także koncepcję prowadzenia ognia pośredniego. Całość tych zmian spowodowała, że artyleria mogła strzelać szybciej, dalej i mocniej, a ceglane mury forteczne nie były w stanie się oprzeć takiemu ostrzałowi.

W końcówce XIX wieku fortyfikacje Twierdzy Warszawa zostały więc zmodernizowane. Umocnienia fortów został przebudowane poprzez wzmacnianie stropów kazamat betonem oraz zastępowanie ceglanych kaponier obiektami betonowymi. Na innych fortach likwidowano także podział wałów na wał piechoty i wał artylerii, ale na tym obiekcie tego nie wykonano.

W roku 1909 nastąpiła gigantyczna zmiana w koncepcji obrony zachodniej Rosji - Twierdzę Warszawa przeznaczono do likwidacji. Wydany rozkaz wyburzenia umocnień był jednak wykonywany po woli i z dużymi oporami. Wszakże budowa fortyfikacji kosztowała fortunę, więc ciężko było budowniczym zrozumieć taką decyzję. Ostatecznie latem 1913 roku rozpoczęto wyburzanie fortów. Na Forcie Mokotów wykonano tylko prace przygotowawcze - zdemontowano elementy metalowe, płoty, kraty forteczne, balustrady oraz wykuto w ścianach miejsca na ładunki wybuchowe. Na szczęście nie wykonano żadnych wyburzeń, więc fort przetrwał do I wojny światowej bez zniszczeń.

Wielka Wojna

Podczas I wojny światowej wojska niemieckie dotarły do Warszawy na początku sierpnia 1915 roku. Rosjanie opuścili miasto w nocy z 4 na 5 sierpnia i oddali umocnienia w zasadzie bez jednego wystrzału. Zdołali wysadzić mosty na Wiśle i być może fragmenty umocnień. Uciekając z Warszawy na praską stronę Wisły zrabowali miasto, to co dali radę wywieźć bez przygotowania. Zza rzeki jeszcze przez kilka dni ostrzeliwali miasto, podczas gdy za wojskiem uciekali jeszcze rosyjscy cywile. Niemcy zajęli fortyfikacje następnego dnia, ale przez okres Wielkiej Wojny fort Mokotów nie był przez nich wykorzystywany. Największą zmianą, którą wprowadził do Warszawy okres niemieckiej okupacji, było powiększenie granic administracyjnych miasta oraz wydanie zgody na zabudowę otoczenia fortecznych umocnień.